Die Stratifikation ist das Vorbehandeln von Samen vor der Aussaat. Ohne diese Vorbehandlung würden diese Samen nur unzureichend oder gar nicht keimen, da es sich um besonders hartschalige oder von Natur aus schwer keimende Samen handelt. Samen besitzen zunächst eine sogenannte Samenruhe und keimen nicht sofort. Das verhindert eine vorzeitige Keimung an der Mutterpflanze. Erst, wenn in der Natur bestimmte Umgebungsbedingungen vorliegen oder wenn der Same durch den Verdauungstrakt von Tieren gelaufen ist, gehen die Samen auf. Die Stratifikation ersetzt diese natürlichen Vorgänge.
Diese Samen können nun in feuchten Sand oder Torfmull gesät werden, um Keimhemmungen zu brechen und ein gleichmäßiges Auflaufen nach der Aussaat zu erzielen. Im Gartenbau wird meist über die Wintermonate stratifiziert. Eingesandet werden auch die meisten Obstgehölzsamen z.B. Pfirsichkerne. Wer also kernechte Pfirsiche ziehen oder Veredlungsunterlagen für Äpfel, Birnen oder Kirschen selber säen will, muss das recht einfache Verfahren anwenden.
Eine Stratifikation kann auch durch Kältebehandlung erfolgen, z.B. ist sie bei Wuweizi (Schisandra chinensis) erforderlich.